L'ensemble des îles et îlots de l’archipel de Molène présentent incontestablement un fort intérêt patrimonial et paysager, reconnu à différents titres.

Exempts de prédateurs terrestres, et relativement préservés de la fréquentation humaine par rapport au littoral continental, l’archipel de Molène est considéré comme une zone refuge pour de nombreuses espèces.

Les îlots de l’archipel constituent un site majeur pour la reproduction des oiseaux marins et limicoles côtiers. Neuf espèces d’oiseaux marins s’y reproduisent annuellement : l'océanite tempête, le puffin des Anglais, le grand cormoran, le cormoran huppé, les goélands argenté, brun et marin, et les sternes naines et pierregarin, ainsi que deux espèces de limicoles côtiers : le grand gravelot et l'huîtrier-pie. Pour certaines de ces espèces, les effectifs atteignent des niveaux d’importance nationale.

L’archipel accueille par ailleurs l’une des plus grandes colonies françaises de phoques gris, avec environ 20% des effectifs nationaux en période de mue. Il est également le deuxième site français en nombre de naissances, avec de 10 à 20 naissances par an.

L’extension de la réserve naturelle permet de prendre en considération les fonctionnalités écologiques de l’ensemble de l'archipel pour les oiseaux et les phoques (sites de reproduction et de repos), mais aussi les enjeux de conservation des habitats naturels, terrestres et marins, et des espèces végétales remarquables.